Slovenija je v mrežo ERM vključena kot del timov polnopravnih in pridruženih članov nekaterih evropskih referenčnih mrež. Za ERM, h katerim se Slovenija še ni priključila kot polnopravna ali pridružena članica, pa je vzpostavljeno nacionalno vozlišče na Kliničnem inštitutu za genomsko medicino (KIGM), UKCL, ki sodeluje tudi kot član v ERM Odboru držav članic (ERN Board of Member States).

Slovenija je polnopravna članica v evropskih referenčnih mrežah:

Univerzitetni klinični center Ljubljana
• Endo-ERN
• ERN EURO-NMD
• MetabERN
• ERN ReCONNET
• ERN RITA
• ERN-RND
• ERN PeadCAN
• ERN EpiCARE
• ERN EYE
• ERN LUNG
• ERN ERKNet

Univerzitetni klinični center Maribor
• ERN ERKNet

Inštitut za Onkologijo
• ERN-GENTURIS
• ERN EURACAN

Slovenija je pridružena članica v evropskih referenčnih mrežah:

Univerzitetni klinični center Ljubljana
• ERN Skin
• ERN GUARD-HEART
• ERN CRANIO
• ERN VASCERN

Nacionalno vozlišče za ERM:

Klinični inštitut za genomsko medicino
• ERN BOND
• ERNICA
• ERN EuroBloodNet
• eUROGEN
• ERN ITHACA
• ERN RARE-LIVER
• ERN TRANSPLANT-CHILD (v postopku)